Trong các hạng mục của nhà máy, cảng xuất sản phẩm và hệ thống tuyến ống (từ nơi chế biến đến cảng xuất sản phẩm dài khoảng 7 km) có nguy cơ mất an toàn cao nhất. Theo Công ty Cổ phần dịch vụ bảo vệ an ninh dầu khí Việt Nam, thời gian qua, khu vực này thường xuyên bị ngư dân xâm phạm vào đánh bắt cá. Thậm chí khi bị ngăn chặn, khá nhiều ngư dân dùng vũ lực chống đối.

Theo báo cáo sơ kết, 2 năm qua, lực lượng bảo vệ và đồn biên phòng cửa khẩu cảng Dung Quất đã ngăn chặn và xử lý 2.744 lượt phương tiện của ngư dân vi phạm hành lang an toàn cảng xuất sản phẩm và cảng nhập dầu thô để đánh bắt hải sản, gây mất an ninh, an toàn tại khu vực… Nguy hiểm hơn nữa, là việc đốt rẫy, đốt thực bì tại khu vực hành lang an toàn nhà máy. Lực lượng bảo vệ đã phát hiện 110 đám cháy ở khu vực này, trong đó có 105 vụ bên ngoài hàng rào tuyến ống dẫn sản phẩm, 2 vụ bên trong tường rào nhà máy và 3 vụ chập điện gây cháy nổ trụ điện cao thế. Nạn trộm cắp tài sản bên trong nhà máy; cắt phá tường rào vòng ngoài của nhà máy để mở lối đi riêng, tụ tập, đánh nhau, gây rối… diễn ra thường xuyên, gây nguy cơ mất an toàn và cháy nổ rất cao. Lực lượng chức năng cũng đã bắt giữ được 14 trường hợp với 20 đối tượng, với các hành vi trộm cắp tài sản của nhà thầu cũng như xâm phạm trái phép nhà máy.

Từ thực trạng trên, nhiều ý kiến của các chuyên gia cho rằng công trình nhà máy có vai trò quan trọng không những đối với sự phát triển của vùng kinh tế trọng điểm miền Trung nói chung và Quảng Ngãi nói riêng, mà còn góp phần đảm bảo an ninh năng lượng quốc gia. Vì vậy, việc đảm bảo an ninh, an toàn, phòng chống cháy nổ cho công trình trọng điểm quốc gia là hết sức cấp thiết, do đó, việc sớm phê duyệt hành lang an toàn và sự phối hợp đồng bộ giữa các lực lượng chức năng phòng chống cháy nổ, an ninh, bảo vệ, chống khủng bố, sự cố tràn dầu là nhiệm vụ không thể lơ là…  (Công Thương - Trần Minh Tích)